כולל נחלת אבות - מיסודו של כולל יד שאול, הוא מכון תורני הפועל להכשרת רבנים ולחיזוק הרבנות הקהילתית בישראל, מתוך תפיסה שרבנות מחוברת לקהילה מהווה יסוד מרכזי בבניין החיים הרוחניים, החינוכיים והחברתיים של הציבור. הכולל פונה לאברכים השואפים לשלב לימוד תורה מעמיק עם בניית ארגז כלים לעשייה קהילתית משמעותית.
המכון נקרא על שם ספרו של כמוהר"ר יוסף משאש זצ"ל על פרקי אבות.
הכולל נוסד ופעל במשך תקופה ביישוב כוכב יעקב, שם התגבשה דרכו התורנית והקהילתית. במהלך שנות הפעילות במקום נבנתה מסגרת לימודית המשלבת עמל תורה רציני, אחריות ציבורית וראייה רחבה של תפקיד הרב בקהילה.
מתוך ניסיון זה, ולאור הצרכים שעלו מהשטח, התקבלה החלטה להעביר את פעילות הכולל לעיר קריית מלאכי. המעבר התבצע בסוף שנת תשפ״ד, מתוך הבנה כי בדרום הארץ קיים צורך ממשי בחיזוק הרבנות הקהילתית ובהעמקת הפעילות התורנית.
בכולל מתקיימים שני מסלולים:
מסלול רבנות קהילתית - לקבלת סמיכת יורה יורה מהרבנות הראשית, עם דגש על הכשרה קהילתית.
מסלול לרבנות עיר - לקבלת סמיכת רב עיר מהרבנות הראשית.
חיבור ישיר לציבור, קיום שיעורי תורה, לימוד פתוח לקהילה ושותפות עם גורמים מקומיים לחיזוק הזהות היהודית בעיר.
המכון הוציא לאור ספרים של כמוהר"ר יוסף משאש זצוק"ל ושל כמוהר"ר שלום משאש זצוק"ל.